2014年04月24日《自然》雜志精選
以其在性別決定和雄性生殖中所起作用而知名的哺乳動物Y染色體,經常含有使其比基因組中其余部分更難組裝的重復序列。為了解決這一問題,Henrik Kaessman及同事建立了一個基于雄性特定的RNA/基因組測序數據的新的轉錄體組裝方法,以此來研究代表全部主要哺乳動物分支的15個物種的Y染色體演化情況。他們發現了哺乳動物的兩個獨立染色體起源和鳥類的一個染色體起源的證據。他們對全部Y/W基因所做分析表明,雖然一些基因由于時空表達變化而涉及性別決定/**形成方面的新功能,但大多數Y基因由于劑量限制可能堅持了下來,至少在*初是這樣。在一項并列的研究中,Daniel Bellott及同事通過對來自幾種胎生哺乳動物和一種有袋類動物的X-Y基因對的基因組序列進行全面比較分析,重建了Y染色體的演化情況。他們得出結論認為,演化過程通過選擇簡化了人類Y染色體的基因內容,以維持調控全身基因表達的同源X-Y基因對的先祖劑量。他們提出,這些基因使得Y染色體對雄性存活來說必不可少,并且對不同性別在健康和疾病方面的差別有所貢獻。(doi: 10.1038/nature13151 & doi: 10.1038/nature13206)詳細報道 Nature封面故事:Y 染色體演化歷程 “受孕蛋白”Juno在卵子中被發現Juno is the egg Izumo receptor and is essential for mammalian fertilization我們對**和卵子怎樣專一地相互識別知之甚少。雄性生育所需的一種**細胞表面蛋白(名叫Izumo)于2005年被發現,但其在卵子上的伙伴的身份此前卻仍不清楚?,F在,Gavin Wright及同事識別出了Izumo的卵子受體,他們將其稱之為Juno。沒有Juno的雌性小鼠是不育的,缺少Juno的卵子不與正常**融合。作者發現這種相互作用在哺乳動物中都保留了下來,所以這些發現也許能為新的生育治療方法和***物的開發提供可能的機會。(doi: 10.1038/nature13203 & doi: 10.1038/nature13227)詳細報道Nature:“朱諾”幫助**結合卵子SWEET9蔗糖運輸蛋白是花蜜分泌的關鍵Nectar secretion requires sucrose phosphate synthases and the sugar transporter SWEET9花蜜在植物與昆蟲之間的相互作用中是一個重要因素,介導授粉和防衛性互惠?;鄣墓δ芎徒M成已很清楚,但花蜜分泌的機制此前仍不確定。在對三種開花植物所做的這項研究中,Wolf Frommer及同事發現,蔗糖磷酸鹽合成酶在花蜜中高度表達,是花蜜的蔗糖成分的合成所必需的。運輸蛋白SWEET9介導蔗糖從蜜腺薄壁組織中的生成點向蜜腺的細胞外空間的輸出。(doi: 10.1038/nature13082)詳細報道 Nature:花蜜的進化之謎 能啃小腸細胞的阿米巴蟲Trogocytosis by En***oeba histolytica contributes to cell killing and tissue invasionEn***oeba histolytica是發展中國家兒童致命腹瀉病的致病病原體,之所以這樣來命名是因為它能夠破壞宿主組織,盡管該效應的機制并不清楚。Katherine Ralston等人在這篇論文中介紹了這些阿米巴蟲是怎樣通過咬下一塊細胞并將其消化來殺死小腸上皮細胞的,這樣一個過程讓人想起免疫細胞之間的“胞啃”現象。將咬下的碎塊消化是殺死細胞所必需的,這個機制在組織培養中和在小腸外植體的入侵過程中都發揮作用。作者提出,通過“胞啃”所發生的細胞間交換在演化上可能要比以前所假設的更古老、更普遍。這項研究還顯示,阿米巴“胞啃”是用來治療阿米巴病(一種被忽視的重要疾病)的新藥的一個潛在目標。(doi: 10.1038/nature13242 & doi: 10.1038/nature13223)詳細報道 Nature:痢疾變形蟲活吃腸道細胞 遺傳變異和人類疾病Guidelines for investigating causality of sequence variants in human disease高吞吐量DNA測序技術的廣泛普及意味著,關于人類疾病中的遺傳變異的數據在迅速積累。在這篇Perspective文章中,Daniel MacArthur及同事發出警告,指出所報告的與疾病相關的突變中近1/4已被發現要么是普通的多態型,要么沒有足夠的證據來證明其能夠致病。作者討論了與評估人類疾病中的序列變體相關的關鍵挑戰,提出了用來可靠區分人類基因組中致病性基因變體與其他變體的方針。他們指出了如果要將基因組研究成果成功應用到臨床診斷中去則急需進行研究和資源開發的幾個領域。(doi: 10.1038/nature13127)詳細報道 Nature:人類疾病與遺傳變異研究指南 Akt由磷酸化介導的活化Cell-cycle-regulated activation of Akt kinase by phosphorylation at its carboxyl terminus絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶Akt是一種重要的細胞信號作用分子,在如細胞增殖、存活和代謝等一系列過程中發揮功能。它的活化已知受兩個關鍵的磷酸化點控制——一個在催化域中,另一個在一個憎水主題內。在這項研究中,Wenyi Wei及同事發現,Akt的活性在整個細胞周期中波動,在靠近該分子的羧基端的兩個點上被Cdk2/cyclin A 或mTORC2磷酸化能促進其在截然不同生理條件下的完全活化。這些新穎的磷酸化事件在Akt的包括癌癥、糖尿病和神經疾病在內的病理活動中似乎也是重要的。(doi: 10.1038/nature13079) 一個4-型分泌系統的結構Structure of a type IV secretion system這項研究報告了使用電子顯微鏡來重構來自大腸桿菌的細菌4-型分泌(T4S)系統的一個較大的、3-megadalton的復合物,它由以復雜的化學計量關系聚集在一起的8個蛋白組成,形成一個穿過細胞膜的柄,將一個與核心外膜相關的復合物和一個內膜復合物結為一體。該結構顯示了一個新穎的架構,它明顯不同于從其他細菌分泌系統所知道的那些架構。T4S系統被很多細菌病原體用來輸送毒性因子和轉移遺傳材料,同時它們也顯示了用作對人類細胞進行遺傳修飾的一種工具的潛力。(doi: 10.1038/nature13081) 一種具有節能潛力的新型催化劑Electroreduction of carbon monoxide to liquid fuel on oxide-derived nanocrystalline copper可再生電力經常是在不需要的時候被生產出來的。如果多余的電力能夠被利用來驅動CO2和水向液體燃料的轉化,那么能源就不會被浪費,通過碳捕獲所產生的CO2也將會派上用場。所有這些都需要能將CO2不僅還原成CO、而且還能進一步還原成燃料化學物質的**電催化劑。銅能做到這一點,但效率低、選擇性差?,F在,Christina Li等人發現,銅的內在催化性能可以通過從其氧化物中作為相互連接的納米晶體來生成它而得到提高。他們所獲得的性能得到增強的催化劑主要產生乙醇,它表明以可再生電力為動力通過兩步將CO2轉化成液體燃料也許是可能的。(doi: 10.1038/nature13249 & doi: 10.1038/nature13226) 海平面和海洋溫度記錄相一致Sea-level and deep-sea-temperature variability over the past 5.3 million years關于過去海平面變化以及海洋溫度相關變化的大部分記錄,都依賴于深海海洋微生物中所記錄的氧同位素的變化。遺憾的是,這些信號受到了其他因素的影響,使得我們難以獲取與氣候相關的明確信號?,F在,Eelco Rohling及同事提出了用來估計過去530萬年海平面和深海溫度變化的一個新方法?;趤碜詵|地中海的氧同位素變化的這一記錄避免了深海方法所存在的問題,與關于過去160萬年的一個獨立記錄基本上對應。正如所預料的,溫度和海平面大體上是相互關聯的,但也顯示出有趣的時間不連續性,因為在上新世-更新世冰期開始時,海平面的一次大幅度下降滯后于一次溫度驟降數十萬年時間。(doi: 10.1038/nature13230 & doi: 10.1038/nature13328) 板塊構造是巖石圈受損的一個副產品Plate tectonics, damage and inheritance板塊構造(地球表面分裂成被集中變形的線性區域分開的剛性板塊的現象)在已知的陸地體系中是獨特的。然而,關于該現象是怎樣出現的仍沒有共識。在這篇論文中,David Bercovici 和Yanick Ricard提出一個從變形物質的微觀性質出發的解釋。該理論認為,當足夠的巖石圈受損積累時,剪切-局域化就會出現,長壽命的弱區域就會形成。然后,瞬時地幔流和遷移的原始消減會導致板塊邊界的積累,并*終導致構造板塊的積累。作者通過一個顆粒演變和受損機制(將其耦合到一個關于由壓力驅動的巖石圈流的理想化模型上)模擬了這一過程,發現構造板塊邊界和完全成形的構造板塊能夠在這種條件下形成。(doi: 10.1038/nature13072)